Для моделей и реальных устройств, состоящих только из линейных элементов - резисторов, конденсаторов, идеальных неискажающих и неограничивающих усилительных элементов - абсолютно безразлично какая амплитуда на входе, хоть 1 мкВ, хоть 1000 В.
Если в модели есть нелинейные элементы - модели транзисторов, например - то токи и напряжения в схеме не пропорциональны напряжению на входе.При расчёте Transient нелинейность моделей учитывается и величина входного напряжения имеет значение.
При расчёте АФЧХ симулятор притворяется, что нелинейных элементов нет и поэтому для расчета без разницы, какое напряжение на входе,
но для рассмотрения графиков совсем не всё равно. Если входное=1, то все графики покажут истинный уровень сигналов в заданных точках.
Симуляторов, которые делают частотный анализ с учётом нелинейностей, нет.
Если учесть всё же надо, то нужно задать рабочую точку или ряд точек принудительно, подав постоянное напряжение на вход схемы.